在牡丹的整个栽培过程中，往往由于气候、土壤重茬及管理不善等多种因素导致病虫害发生，以致危害牡丹的正常生长发育，使其长势变弱，花色衰退，丹皮产量低，品质差。因此，加强牡丹的病虫害防治工作是保证其健壮生长的重要措施。
    病害是牡丹在其生长发育和越冬过程中，受到病原微生物的浸染或不良环境条件的影响，使其从生理机制到形态结构发生一系列病变。常见的病害有以下几种：
    (1)叶斑病：也称红斑病，此病为多毛孢属的真菌传染。病菌主要浸染叶片，也浸染新枝。发病初期一般在花后15天左右，7月中旬随温度的升高日趋严重。初期叶背面有谷粒大小褐色斑点，边缘色略深，形成外浓中淡、不规则的圆心环纹枯斑，相互融连，以致叶片枯焦凋落。叶柄受害产生墨绿色绒毛层；茎、柄部染病产生隆起的病斑；病菌在病株茎叶和土壤中越冬。
    防治方法：①11月上旬(立冬)前后，将地里的于叶扫净，集中烧掉，以消灭病原菌；②发病前(5月份)喷洒1﹕1﹕160倍的波尔多液，10一15天喷一次，直至7月底；③发病初期，喷洒500-800倍的甲基托布津、多菌灵，7-10天喷一次，连续3-4次。
    (2)紫纹羽病：为真菌病害。由土壤传播。发病在根颈处及根部，以根颈处较为多见。受害处有紫色或白色棉絮状菌丝，初呈黄褐色，后为黑褐色，俗称"黑疙瘩头"。轻者形成点片状斑块，不生新根，枝条枯细，叶片发黄，鳞芽瘪小；重者整个根颈和很系腐烂，植株死亡。此病多在6-8月高温多雨季节发生，9月以后，随气温的降低和雨水的减少，病斑停止蔓延。
    防治方法：①选排水良好的高燥地块栽植；②雨季及时中耕，降低土壤湿度；③4-5年轮作一次；④选育抗病品种；⑤分栽时用 500倍五氯硝基苯药液涂于患处再栽植，也可用5％代森铵1000倍液浇其根部；⑥受害病株周围用石灰或硫磺消毒。
    (3)茵核病。又名茎腐病。病原为核盘菌。发病时在近地面茎上发生水渍状斑，逐渐扩展腐烂，出现白色棉状物。也可能浸染叶片及花蕾。
    防治方法：选择排水良好的高燥地块栽植；发现病株及时挖掉并进行土壤消毒；4-5年轮作一次。
    经常见的还有炭疽病、锈病。炭疽病在叶面上发生圆形或不规则形淡褐色凹陷病斑，扩展后边缘为紫褐色；锈病在叶背着生黄色孢子堆，引起叶片退绿，后期病叶上生柱状毛发物。防治方法同叶斑病。
    此外，牡丹还有根线虫病，发生在根部，形成连珠状。栽植前用氯化苦进行土壤消毒，或每株用7-10克灭虫威埋在根部周围5-20cm深的土层中，防治效果较好。引子《菏泽牡丹栽培技术》